空間蛋白組技術服務
一、核心價值：為什么需要空間蛋白組？
傳統 Bulk 蛋白組：組織勻漿后測整體，無空間信息，掩蓋區域異質性（如腫瘤邊緣 vs 中心）。
單細胞蛋白組：拿到單細胞數據，但解離破壞原位結構，丟失細胞間空間關系與微環境信號。
空間蛋白組：在完整組織切片上，同時獲得：蛋白身份 + 表達量 + 空間坐標 + 細胞定位，直接解析原位微環境與細胞互作。
二、主流技術（分兩大陣營）
1）抗體 - 成像型（原位、高分辨率、中通量）
CODEX/PhenoCycler：寡核苷酸標記抗體→多輪染色 - 成像 - 漂白→單張切片測40–100 種蛋白，亞細胞分辨率，適合免疫微環境、腫瘤異質性。
IMC（成像質譜流式）：金屬標簽抗體→激光消融→質譜檢測，~40 種蛋白，單細胞分辨率，適合 FFPE 組織、免疫細胞亞群。
MC成像質譜
DSP（NanoString）：光切割標簽 + 數字計數，100–1200 種蛋白 / RNA，可圈選任意 ROI（如腫瘤巢、基質），適合臨床樣本、生物標志物篩選。
2）質譜 - 區域型（無偏、高通量、低分辨率）
LCM+LC-MS/MS：激光捕獲顯微切割（LCM）切取目標區域（5–10 μm）→蛋白提取→質譜鑒定，數千種蛋白，無偏篩選，適合 FFPE / 冷凍組織、差異蛋白發現。
MALDI-IMS（質譜成像）：組織切片直接質譜掃描，100–1000 種蛋白 / 肽段，空間分辨率 50–200 μm，無需抗體，適合整體組織分布、腫瘤邊界標志物。
三、實驗流程（以 LCM+MS 為例）
1.樣本制備：FFPE / 冷凍組織→5–10 μm 切片→HE / 免疫熒光染色→定位目標區域（ROI）。
2.激光捕獲（LCM）：顯微鏡下精準切割 ROI（如腫瘤、免疫灶）→收集到微量管。
3.蛋白提取與酶解：裂解→yi酶消化→肽段混合物。
4.LC-MS/MS：液相分離→質譜檢測→蛋白鑒定與定量。
5.空間映射：將蛋白表達量回貼到原始組織圖像，生成空間蛋白圖譜。
四、應用場景
腫瘤微環境：解析腫瘤中心 / 邊緣 / 基質的蛋白差異，發現耐藥亞群、免疫逃逸機制、新治療靶點。
神經科學：阿爾茨海默病斑塊、帕金森病路易小體的原位蛋白網絡，揭示神經炎癥與退行機制。
發育生物學：胚胎 / 器官發育的空間蛋白圖譜，追蹤分化軌跡與關鍵調控蛋白。
臨床轉化：FFPE 樣本中篩選預后 / 療效標志物，指導精準分型與免疫治療。
空間多組學整合：空間蛋白組 + 空間轉錄組 + 單細胞，多維解析基因 - 蛋白 - 功能的空間調控網絡。
五、與單細胞測序的區別（一句話）
單細胞測序：測單個細胞的基因 / 蛋白，無原位結構；
空間蛋白組：測組織原位的蛋白分布，保留空間架構，更貼近真實微環境。
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